Para la gran mayoría de los historiadores de La Habana y, en particular, para los que han escrito sobre Guanabacoa, la «Villa de Pepe Antonio» o «Villa de las Lomas»; este nombre significa «lugar de aguas» o «tierra de aguas«.

Este significado le viene muy bien a Guanabacoa, pues, efectivamente, fueron muy famosos sus baños y manantiales. Algunos como «La Cotorra» llegarían a convertirse en grandes industrias de alcance nacional y serían un motor impulsor del desarrollo de ese municipio.

Sin embargo, el ilustre historiador de Puerto Rico, Don Cayetano Coll y Toste, sostiene que Guanabacoa significa en realidad «Sitio de palmas altas», pues es un término derivado de la unión de varias palabras aborígenes: «guana», que significa palma; «ba», que significa alta y «coa» que significa sitio o lugar.

No confundirse de Guanabacoa

Con el término de Guanabacoa los historiadores han cometido, frecuentemente, el error de confundirla con la hacienda de igual nombre que el Adelantado y primer gobernador de Cuba, Diego Velázquez, mercedara al ilustre Manuel de Rojas y que después le retirara el rey.

Es precisamente esta Guanabacoa (y no la de La Habana) la que se menciona en los documentos anteriores a 1555.

La Guanabacoa habanera no surgiría, precisamente, hasta ese año 1555, en que el gobernador de Cuba, Gonzalo Pérez de Ángulo, formó el primer cabildo.

Mas, como a la nueva villa no quería mudarse ni Dios, el sucesor de Ángulo, Don Diego de Mazariegos, ordenó que todos los indios que andaban dispersos por la jurisdicción fuesen concentrados en el lugar y se establecieran como vecinos. De ahí que Guanabacoa sea considerada como un «pueblo de indios», una condición que desaparecería como consecuencia del asentamiento de vecinos blancos y esclavos negros, así como por el mestizaje, que difuminó el elemento fundacional aborigen de la Tierra de las Aguas.