El territorio que ocupa el término municipal de San Nicolás de Bari perteneció a Güines, hasta el 1ro de enero de 1879 en que se creó su Ayuntamiento.

Dos décadas después, el 22 de enero de 1900, los ocupantes estadounidenses le anexarían el municipio de Pipián; sin embargo, el 24 de enero de 1902 por la Orden Militar No. 23, suprimirán el término y anexarían todo su territorio (incluido el mencionado Pipián) al vecino Madruga.

Municipio San Nicolás de Bari

Finalmente, San Nicolás de Bari, resurgiría como municipio el 12 de agosto de 1912, limitando al norte con Madruga, al este con Nueva Paz, al sur con el Golfo de Batabanó y al Oeste con Melena del Sur y Güines.

Su territorio se asentaba sobre los antiguos corrales «Pipián» o «San Felipe de Neri», mercedado el 15 de febrero de 1658 a Bartolomé Venegas; «Barbudo», mercedado el 12 de septiembre de 1692 a Francisco Justiniani; «Gramales» y «San Francisco de Umoa» mercedados a Diego González de la Torre el 8 de febrero de 1630 y el 3 de diciembre de 1633, respectivamente; «Yacán», «Ceiba», «Guanamaragua» y «Gabriel», cuyos beneficiarios originales se desconocen.

Escudo de San Nicolás de Bari

Conformaban el término municipal de San Nicolás de Bari nueve barrios: Pueblo y Paradero (pertenecientes a la cabecera), Gabriel, Pipián, Jobo, Babiney Prieto, Caimito, Zaldívar y Barbudo. En el barrio de Gabriel se encontraba el pueblo de Río Seco, fundado en 1899, en el que existía un paradero de los Ferrocarriles Unidos de La Habana; en el de Pipián, el pueblo del mismo nombre, fundado en 1792 como hacienda de Madruga, en el camino hacia Alacranes, en la hacienda de San Felipe Neri. En los barrios de Jobo, Caimito, Babiney Prieto, Zaldívar y Barbudo, existían también pueblos con esos mismos nombres respectivos.

El pueblo de San Nicolás de Bari, cabecera municipal, se fundó en 1827, en el mismo sitio en el que, cuatro años antes, había sido levantada una ermita bajo la advocación del Santo homónimo. Esta ermita sería erigida en parroquia por el Obispo Fleix y Solans; reconstruida en mampostería por su primer párroco, el presbítero Manuel Rodríguez y García y bendecida por el propio Obispo Fleix y Solans en 1856.

Por su parte, el pueblo de Caimito se fundó en 1795, año en que se abrió en el suegidero una Zanja para conducir frutos del interior. Tradicionalmente sus casas fueron ocupadas por pescadores de tortugas y mariscos de mayo a junio y marítima ente dependía de Batabanó. Hasta la cuarta década del siglo XIX fue uno de los lugares preferidos por los contrabandistas, hasta que llegó el Capitán General Miguel Tacón y acabó con el relajo general que existía en el país.

Tacón, que no se andaba con chiquitas, cuando de hacer respetar el principio de autoridad se trataba, ordenó construir un torreón artillado con una batería y guarnecido por 15 hombres, al tiempo que fijaba residencia en el lugar a un delegado de la Real Hacienda.

Totalizaba el término municipal de San Nicolás de Bari, 340 km cuadrados y era surcado por los ríos Mayabeque (antiguo Onicajinal), Seco, Majaque, Rosario, Alianza, San Blas, San Nicolás, Vegas, Majagua y otros más. También existían varias zanjas clavadas con el objetivo de regar los campos de cultivo y transportar mercancías, las más importante de las cuales era la conocida como La Tinaja.

Sus terrenos eran en su mayoría fértiles y llanos, aunque su parte meridional era improductiva al estar ocupada por ciénagas y lagunas como las de Guanamón, Caimito y Herrera. En los terrenos fértiles se cultivaba, fundamentalmente caña de azúcar, la cual era molida en los dos centrales existentes en el municipio, el Gómez Mena y el Jobo. También se obtenían notables rendimientos en productos agrícolas como el arroz, viandas y hortalizas.

Una buena parte de los productos de San Nicolás de Bari se sacaban a través de los tres embarcaderos privados que existían en el municipio: Caimito, Belén y Rosario.

También se utilizaban las líneas de los Ferrocarriles Unidos de La Habana, las cuales sumaban 13 km en el término, con paraderos en la cabecera, Río Sexo y Jobo, y un ramal desde San Nicolás hasta el central Gómez Mena, que disponía, además, de varios km de vías férreas privadas.

Por carretera, San Nicolás de Bari se encontraba unido con San Julián de Güines y con el central Gómez Mena. Los barrios Barbudo, Gabriel y Babiney Prieto estaban atravesados por el «Camino de Tierra Adentro»; mientras el camino de Pipián a Catalina, atravesaba el barrio de Jobo.

San Nicolás de Bari después de 1959

Tras la DPA de 1946, San Nicolás de Bari mantuvo su condición de municipio, formando parte de la provincia Habana (Habana campo). A partir de 2010 pasó a integrar la nueva provincia Mayabeque.

Al igual que durante la República, en la actualidad el término limita al norte con Madruga, al sur con el Golfo de Batabanó, al este con el municipio de Nueva Paz y al oeste con el de Güines. Sin embargo, su extensión territorial se redujo en casi 100 km cuadrados (242 por los 340 que tuvo hasta 1976).